Menurut Pertubuhan Kesihatan Sedunia, bakteria salmonella adalah salah satu penyebab penyakit yang paling biasa di seluruh dunia. Di Amerika Syarikat, 1.4 juta jangkitan mengakibatkan lebih daripada 150, 000 lawatan doktor, 15, 000 dimasukkan ke hospital, dan 500 kematian setiap tahun. Walaupun keracunan salmonella biasanya menyebabkan gastroenteritis ringan, terhad ("salmonellosis"), dalam beberapa kes kesan jangka panjang mungkin berlaku.
Jangkitan Metastatik
Dalam kes yang jarang berlaku, salmonella melarikan diri dari usus untuk memasuki aliran darah. Jangkitan darah boleh menjadi maut dan boleh menyebabkan komplikasi jangka panjang apabila salmonella menyebar (metastasizes) dari aliran darah untuk menjangkiti kawasan lain badan. Contoh-contoh jangkitan salmonella metastatik termasuk jangkitan injap jantung dan lapisan jantung (endokarditis), tulang (osteomyelitis), buah pinggang (pyelonephritis), dan tisu lembut lain termasuk otak. Biasanya, jangkitan ini perlahan-lahan berkembang dan mengambil masa lebih lama daripada 12 hingga 72 jam yang dikaitkan dengan salmonella gastroenteritis klasik. Mereka jarang berlaku pada orang dewasa yang sihat dan lebih biasa pada orang-orang dengan sistem imun yang terjejas (seperti yang mempunyai AIDS, kanser, anemia sel sabit) atau masalah perubatan yang berlainan.
Penyakit autoimun
Selepas pendedahan salmonella, sistem imun membuat antibodi kepada bakteria. Malangnya, bakteria salmonella menyerupai penanda permukaan sel yang terdapat pada ramai orang. Hasilnya adalah penyakit autoimun yang menyebabkan Sindrom Reiter, yang menghasilkan sakit sendi kronik (arthritis), kerengsaan mata (konjungtivitis dengan atau tanpa iritis) dan masalah dengan kencing (urethritis). Dalam satu kajian 2001 yang dibentangkan dalam jurnal Klinik Penyakit Berjangkit, hampir satu pertiga daripada orang yang dijangkiti Salmonella Dnteridis, salah satu spesies salmonella yang paling biasa, mengalami arthritis yang berterusan selama 6 bulan, dan hampir 50 peratus dilaporkan berulang selepas episod awal diselesaikan.
Pembawa kronik
Dalam sesetengah kes, individu pulih dari jangkitan salmonella menjadi pembawa kronik. Contoh yang paling terkenal tentang pembawa salmonella kronik manusia ialah "Typhoid Mary." Buku 1996 JW Leavitt "Typhoid Mary: Captive to the Public Health" menceritakan kisah sebenar tukang masak Irish-Amerika yang tidak berkait dengan 54 kes dan empat kematian dalam sembilan epidemik demam tipus pada awal tahun 1900-an di New York City.
Pada masa kini, keadaan pembawa kronik biasanya boleh dibasmi dengan antibiotik yang diperluaskan, walaupun individu mungkin tertakluk kepada sekatan pada jenis kerja yang mungkin mereka lakukan dalam interim tersebut. Kebanyakan pembawa kronik adalah asimtomatik. Walau bagaimanapun, pesakit AIDS dan jenis kompromi imun yang lain mungkin mengalami serangan berulang berulang sebelum antibiotik berkesan.